Am 1. Oktober 1950 wurde die Hanns Eisler als "Deutsche Hochschule für Musik“ in Berlin gegründet und nahm am 20. Oktober ihren Lehrbetrieb mit 46 Studierenden in der Wilhelmstraße 53 auf. Die Gründung füllte eine Lücke im sowjetischen Sektor aus, da die bis dahin einzige Musikhochschule Berlins in der Fasanenstraße durch die Teilung der Stadt im britischen Sektor lag. Gründungsrektor war der österreichische Musikwissenschaftler Prof. Dr. Georg Knepler, seit 1964 trägt die Hochschule den Namen des Komponisten und Schönberg-Schülers Hanns Eisler.
1987 bezog die Hochschule ihr Hauptgebäude in der Charlottenstraße 55 am Gendarmenmarkt und übernahm 2005 den umgebauten Neuen Marstall am Schloßplatz – in unmittelbarer Nachbarschaft zum Humboldt Forum in der Mitte Berlins. Heute bildet die Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin etwa 500 Studierende an den beiden Standorten aus. Zu ihren Professor*innen zählen u.a. Nicolas Altstaedt, Kolja Blacher, Claudio Bohórquez, Benoît Fromanger, Kirill Gerstein, Hanspeter Kyburz, Thomas Quasthoff, Christine Schäfer, Antje Weithaas und Tabea Zimmermann. Zwei Drittel der Studierenden stammen aus dem Ausland.
Zu den Absolvent*innen der Hochschule gehören u. a. Jochen Kowalski, Olga Peretyatko, Anna Prohaska, Roman Trekel, Siegfried Matthus, Vladimir Jurowski, Lahav Shani, Sebastian Weigle, Kahchun Wong, Tatjana Gürbaca, Peter Konwitschny, Vera Nemirova, Isabelle Faust, Antoine Tamestit, Nicolas Altstaedt, Claudio Bohórquez, Sol Gabetta, Danjulo Ishizaka, Johannes Moser und Martin Helmchen.
Als eine der ersten europäischen Hochschulen führte sie bereits 1953 auf Initiative des Opernregisseurs Walter Felsenstein einen Studiengang "Opern- und Musiktheaterregie“ ein, seit 1965 gibt es die der Hochschule angeschlossene "Berliner Spezialschule für Musik“ – das heutige Musikgymnasium Carl Philipp Emanuel Bach. 2002 wurde das Kurt-Singer-Institut für Musikphysiologie und Musikergesundheit gegründet, 2003 klangzeitort, das Institut für Neue Musik, und 2005 das Jazz-Institut Berlin (JIB). Die drei Einrichtungen bestehen in enger Kooperation mit der Universität der Künste Berlin.